人们对于心理咨询室功能的认识引领着中小学心理咨询室建设的发展方向。关于心理咨询室的功能研究，不同学者提出了不同观点。心理咨询室一是学生生活指导设计的企划室；二是对学生个体进行指导的研究室；三是提供及保管情报的资料室；四是教师继续教育的基地；五是学校与家庭的桥梁。卢骏（2002）提出心理室不仅只对有心理问题和心理咨询需求的学生进行心理帮助，还应对所有的学生开放。另外，宋宁（2006）认为中小学心理咨询室应该承担着心理教育专业管理与心理咨询专业服务的功能。
心理咨询室建设在实践中存在以下四类问题，严重影响着其功能的发挥。
，由于教育资源的不均衡等原因，目前仍有一定数量的中小学没有建设心理咨询室。
第二，部分中小学心理咨询室存在着“形同虚设”的问题，心理咨询室的相关硬件设施配备完备，但缺少专业的心理教师，导致无法开展心理教育活动。
第三，心理咨询室的低效问题，部分心理咨询室只提供心理咨询的服务，只对提出心理咨询的要求的学生进行心理帮助，而心理咨询室的大部分时间和资源都浪费了。
第四，由于中学生面临着升学压力，因此中学和小学在心理健康教育方面存在着差异，与中学相比小学更为重视学生心理健康教育工作，在心理咨询室的建设方面小学比中学更为重视。中学生正处于青春期阶段，在从小学生变为中学生的角色转化中，可能会面临身心的不协调发展、认知冲突、人际关系不协调、学习压力过大等多方面心理问题，而中学不重视心理咨询室的建设工作，将导致中学生的心理问题难以解决，严重影响其心理健康发展。
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