学校应当制定符合学校具体情况的心理咨询室管理制度。规章制度要包括心理咨询室的管理办法和心理咨询教师工作的管理细则等。心理咨询室应当制订相关计划，保证每学期的学生团体健康心理辅导。心理咨询教师要在工作中做好记录，建立个体咨询档案，在咨询过程中做好相应的处理工作。工作人员应该严守保密原则，不随意探听来访者的隐私，不得泄露学生的咨询记录和档案。配备专业的心理咨询教师，没有相关知识的人员不能从事心理咨询工作。学校还应该加强安全措施，对在咨询过程中可能出现的特殊情况制订处置预案，以便采取有效措施及时处置。
学校的心理咨询室应该对学生的心理状况进行定期的检查评估，建立学生的心理健康档案。教师还可以通过数据收集家族心理病史，及时发现问题并针对学生的问题给予教育指导。要定期开展心理健康辅导，开设心理健康课程。以心理健康知识讲座的形式，针对学生容易出现或已经出现的问题进行疏解指导。比如，教师要对如何与人交往、如何调节不良情绪、如何应对挫折等进行专业解读。许多学生虽然不愿走进心理咨询室，但心理健康指导讲座能够使他们在一定程度上得到心理上的疏解。要通过宣传化解学生对心理咨询的偏见，从而使学生更好地完成高中阶段的学习。
学校的心理咨询室承担了学生健康心理教育和指导的责任。但现在对于学校咨询室建设与教育指导方面的研究还很欠缺。一些心理咨询室的设置原则和设置程序都处于探索的阶段，学校要重视心理咨询室的建设和使用，制定相应的措施，规范管理，让高中的心理咨询室真正为学生的学习与成长保驾护航。
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